青色申告なら仕訳がほぼ自動で出来るのでは楽ですね。
白色なら現金主義で処理されることが多いでしょうから仕訳のライン数も少なくなるのでExcelでも良いかと思います。
freeeは確定申告のフォームまで作成してくれるので、全体として作業量は減って楽になると思います。