@what_alnk Windowsのバックアップはあまり詳しくないのですが，少なくともTime Machineの場合，ソフトウェア毎の設定は結構な確率でスルーをしている気がします。
そのため，小生はTime Machineとは「データの世代バックアップがとれるもの」という運用をしています。
※　Rebuild.FMの@hakさんではありませんが，imigrationとしてのTIme Machineは期待をしていない