会議アプリをミュートさせるにはそのアプリが最前面に出ている必要がある(でないとキーの情報が別のアプリに行ってしまう)のと、会議アプリごとにミュートのショートカットが違うので、マイクをミュートした方が楽で確実なんだと思います。

https://mstdn.guru/@shoichi/107040369784431080