ネットでoctoprint vs sd cardで検索すると比較が結構出てますね。そして円柱形状を比較サンプルにしているのが多くて今回の問題と似てます。特にラズパイzero wのスペック不足が顕著に出ているようだけど、octoprintとしてもプリンターのバッファー不足で造形に影響がでてしまうっぽい。ファームウェア再コンパイルしてバッファいじってる人もいるようです。