私の環境固有の症状だったのかもしれませんが、
1. レイヤーをグループ化したとき、ペンクリックでグループを展開出来ない
2. レイヤーマスクをAlt+ペンクリックで選択できない
という症状が発生していました。
両方ともちょこちょこ使うアクションなので、そのたびにマウスクリックしていたので、ペン⇔マウスの持ち替えが面倒で。。。