私が住んでいる県では自動車税をPayPayで支払った場合、翌年6/30までに車検がある人のみ数週間後に証明書が送られてきます。
また、納税確認の電子化が済んでいる都道府県では車検時納税証明書は不要ですが、私の場合隣県のディーラーで車検を受けるため必ず納税証明書を要求されます。県をまたぐため情報の共有ができないためと思われます。