Windowsは「Windows文化的な自由」の歴史を歩んだ経緯があるので、Windowsユーザ・Windowsアプリケーションデベロッパはディレクトリ構成に関しての意識が薄いんじゃないかな？と思ったりはします。
良くも悪くも誰もがWindowsでアプリケーションを使い、Windowsでプログラミングを学んだので細かい部分の説明がおざなりになっていたのだと思います。