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可変フレームレート/可変ビットレートでの保存は映像と音声の同期ズレの元になるので、可能な限り固定フレームレート/固定ビットレートにした方が編集素材としては信頼性が高いです
可変フレームレート/可変ビットレートは視聴や保存に向いたもので、編集には向きません
可変フレームレート/可変フレームレートへのエンコードはYoutubeにアップロードしたときにYoutube側が勝手にやってくれるので、編集する側は固定フレームレート/固定ビットレートで良いと思います
