「えっじゃあ何使えばよろしいの?」と思うかも知れないので使い分けも書いときましょう
○高機能さが欲しい
・MKV
・AFS
編集時にもBフレームへ対応してたり字幕ファイルを埋め込めたりするのでMKVやAFSはおススメ。ただしその分ちょっと重かったりする。
○汎用性が欲しい
・MP4
・OGM
高機能なコンテナにも搭載されているが不完全ファイルが再生できるなど不具合に強い。高速シークに対応していたりなど編集でも便利。
○古いシステムで再生したい
・AVI
歴史が長いぶん低機能だが多くのシステムに対応しておりデコードが軽いという点でAVIは優秀。他のフォーマットからAVIへエンコードする際も失敗しにくいような印象がある。
○編集で最強なのは?
・CineForm
・ProRes
・DNxHD
・P2HD
みたいなプロ向けのヤツでしょう。オープンソースでも編集に強いの存在していたりしますが編集ソフトが対応しているかは未知数なので・・・、