たぶん上手くいったと思う

https://drive.google.com/file/d/1xFdPmbIy0huy2Vz9dlcu3RM9WeQb7623/view?usp=sharing

3Dメタデータのコマンドオプションが古かったですね

あたらしいほうは下記

ffmpeg -i in.mp4 -vcodec libx264 -x264opts frame-packing=3 out.mp4

上手くいってるかドキドキ