ブログにしようと思ってたけどシンゴさん困っているみたいだしノウハウを溜め込んで居ても人類のためにならないのでFFmpegでSide by Side動画をやる方法を載せておきます

ffmpeg -i RIGHT_EYE.FILE -vf "[in] pad=2*iw:ih:iw:0 [right];movie=LEFT_EYE.FILE[left];[right][left] overlay,scale=2*iw/3:2*ih/3[out]" EXPORT_FILENAME.mp4

上記のコマンドでSide by Side動画が生成されます
RIGHT_EYE.FILEに右眼用動画ファイルを、LEFT_EYE.FILEに左眼用動画ファイルを指定してください

注意点としては左右動画ファイルは自動で同期されません
FFmpegを実行する前に開始フレームを何らかの動画編集ソフトで合わせてからFFmpegで実行して下さい

出力されるSide by Side動画は合計入力解像度の1/2になります
つまり1080p動画2つを入力した場合は(1080+1080)/2=1080が出力されます