steam版のサクナ姫、xboxコントローラでやるとボタンの画面表示がボタン番号になってて困ったなあと思ってたが解答があった。よかったよかった。

You need to open the game's folder (right-click it in your library -> Manage -> Browse local files), open the "TaueConfig.json" file in a plain text editor such as Notepad or Notepad++ (not Word or Wordpad), and find the line for your controller that says "Preset"

If the value on that line is "-", change it to "XboxOne".