システム側からChromeだけを指定して切れました。
トラックパッドのページ間スワイプを無効にする:
defaults write com.google.Chrome AppleEnableSwipeNavigateWithScrolls -bool NO
マウスのページ間スワイプを無効にする:
defaults write com.google.Chrome AppleEnableMouseSwipeNavigateWithScrolls -bool NO
トラックパッドとマウスの設定が別々というのが大事なところです。
正確にいうと、ユーザープロセス内で走るAppKitでNSUserDefaultsからイベント発生源のデバイス用の設定を読んでいるので、どのアプリでも指定できます。