参考になればですれれども、
Windows 10 の更新プログラムの配信の最適化
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/deployment/update/waas-optimize-windows-10-updates

数千台だもんなー
部門ごとではなく、さらに部門のPCごとで分散化させないと厳しい感じかも。
部門ないの特定のPCに先行して配信して、その後部門内のPCに横展開させるとか