ほとんどの3Dプリンタはボーデン式のエクストルーダで、ヘッドから離れたモーターでチューブを通してフィラメントを供給するので、反応が悪くフィラメントの糸引きや、柔らかフィラメントの印刷が難しい。Prusaはダイレクトエクストルーダで、ベッドに押し出しモーターが載っているので、最短距離でフィラメントを押し出す。