黒目レイヤーと瞳(の輪郭レイヤー)にだけ相互作用し、他のパーツのレイヤーに影響を及ぼさないレイヤー？マスク？の作り方、という質問で良いのだろうか。

@shingo1228 レイヤーマスクでしょうか？キャラクターアニメーション上で機能するのかわかりませんが。