@awazo Evernoteは一冊のノートに追加していく感じで、OneNoteは複数のノートを作っていくので、多分こっちかな?と思います。
あと、もしあなたが大学生や研究者で、論文を書くために参考文献の管理をしなければならないのなら、こういうものもあります。
Zotero
https://www.zotero.org
執筆者や更新年月日、添付ファイルでソート。各学会規格の参考文献一覧形式での出力など、管理機能が充実しています。以前はローカルに保存したページに注釈をつけたりも出来たのだけど、なんか出来なくなった?