エンコード結果差異についてプロジェクト設定を見直していたところ、タイムライン解像度が「1920 x 1080 HD」になってましたが、これだと内部処理がFull HDになってしまっていたか。。。？
(そして、最終的なエンコード時に4kにアップコンバートしていた？)