UNIXやLinuxはユーザがアプリケーションを使用することの前提にいわゆる「ドットファイル」があるので、非プログラマでも特定のディレクトリ下にあるドットファイルによって設定を行うという意識がUNIX/Linux利用初期から根付くわけですよ。
この意識の状態からプログラミングへ手を出すと無意識に特定のディレクトリ下へドットファイルを置くようになるのでは無いかと。