営業畑の経験から察するに、おそらくは求人サービスなどが求人面接会の実施にあたり御礼状を送付していたのが始まりなのではないか？と思います

それがいつしか就職面接応募者自らが御礼状を送付するように転んでしまったんじゃないかと(おそらくは求人サービス側の新入社員がそう誤認するようになった)

求人サービスと企業のBtoBが御礼状を送りあうのは商売なので理解できるけど、就職面接応募者にそれを負担させるのは違うだろと思います