どうしても岩石をググるとパワーストーン系のノイズ情報が入るので解説すると、トルマリンは火成岩(マグマが冷えて固まった石)です

黒いトルマリンはブラックトルマリンやショールトルマリンと呼ばれることが多く、火成岩の主要構成岩石の1つ

コーヒー豆の産出地は山間の地域が多いので火成岩が多くあると推測されるため、おそらくコーヒー豆を回収しているうちに混ざったんじゃないかと思います

多分ですけどね