たいてい周遊の遊覧船は「旅客不定期航路事業」という届出をしている

これは「一定の航路に旅客船を就航させて不定期に人の運送を行う事業」のことで、端的に説明するならば「周遊しようとする航路を地方運輸局長の許可によってお客さんを不定期に周遊させる事業」です

これのポイントは周遊しようとする航路は事前に届出しなくちゃいけない点で、当然ながら海面下に暗礁など危険な障害物のある航路は許可が出ないはずなんです(運輸局の事務処理ミスでもなければね)

つまり船長は何らかの理由によって許可された航路を外れて危険な海域へ進んだ可能性があるということ

船長が業務上過失往来危険の容疑で逮捕拘束されたのはおそらくこの辺りが関係している

NHK NEWS WEB: 修学旅行中の旅客船沈没 船長 岩場がある海域を航行と説明
https://www3.nhk.or.jp/news/html/20201120/k10012722171000.html