あーなるほど・・・
mbox形式みたいな複数のメールを1つのファイルとしてアーカイブするデータベース形式は扱っちゃおそらく駄目なんだと思います
mbox形式はアーカイブデータ総量の省データ化に有利ですが、1つのメールが壊れると紐付けられた他のメールも壊れます
もしメールを扱いたい場合はMH形式のメーラーを利用する必要があると思われます
MH形式メーラーの代表例はSylpheedやMutt、Evolutionあたりです
・・・というようなことをユーザ側が考えずに使えるのが理想ですよねぇ。こんなの今の主流ユーザの9割以上は絶対に知らないし