Side by Side動画が出力されたらAdobe PremiereやDaVinci Resolveなどで編集してください
この段階ではまだ3D向けになっておらず、単なるSide by Side動画として編集できるはずです
編集が完了したら下記コマンドを実行してください
ffmpeg -i INPUT.FILE -vcodec libx264 -x264opts \ "frame-packing=3:frame-packing-interpret=1:frame-packing-quincunx=0:frame-packing-grid=0,0,0,0" EXPORT_FILE.mp4
上記コマンドで3D用メタデータを付加することが可能です
今回のTipsはボクの手元に同じカメラ2台で撮影したデータがないので正直上手くできてるかわからないのでご了承下さい