先日からTimeMachine用USB HDDが起動時に自動マウントされなくなって毎回ディスクユーティリティで手動マウントが必要になり、元に戻そうとあれこれ試してようやく直った？

×PRAMクリア
×ディスクユーティリティでFirst Aid
×USBポート変更
×起動後にUSB接続してマウント（マウントするが次回起動時だめ）
いよいよ再フォーマットしかないかなと思ったところで、OS X ユーティリティを起動して First Aid を実行
https://www.drk7.jp/MT/archives/002102.html

これでどうだ