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まずは短い尺で書き出せるかテストした方がよさそうですね。
ぱっと検索した感じ、Premiere pro 側にもGPU高速処理があり、Shadowplay側にもGPUアクセラレーションがあるようですので、レンダリング時にコンフリクトしているのかも知れません。
キューボタンを押して、Adobe Media Encoder に送り、レンダラーをソフトウェア処理に変更して書き出しを行ってみてどうでしょうか？
