後日談、解決しました
途中でエラーで止まってしまっていたuntranc-guiで正常に再生できるファイルを作ることができました
壊れているファイルに対してリファレンスにしていた正常なファイルが短かったのが原因かもしれません
同程度の容量のもので試したところ最後まで完了できました
ちなみに、recover_mp4とffmpegで同じ条件で試してみましたがこちらは変わらず画面上1/3の色が壊れたままでした
https://mstdn.guru/@nogmasa/110568830567964756
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