@wisy 自分もいまHUGOでサイト作っているんですが、CSSのパスが正しくないからだと思います。
ローカルで確認したい場合は、baseURLにビルドするフルパスを指定してビルドすると見えると思いますよ。AWSとかにあげるのであれば、表示するURLを別に入れる必要があるかと思います。