ちゃーりーさんの悩みは、midiのフットコントローラーでドラムのミュートをオンオフで解決できそうですね。
MIDIコントローラーの種類・選び方・使い方とは？持ってるとこんな便利に！？ – Yugoの不思議な音楽の国
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フェーダーのオートメーションを組んでも良さそうですけど、クリックのみで弾けばリズムは整いそうですね。