版権物も、制作側と持ちつ持たれつの関係なので、基本容認されてるのだと思います。
昔、エヴァンゲリオンのweb上での取り扱いで、ガイナックス側にちゃんと申請だけば許諾をもらえるというシステムもありましたが、なかなか珍しい例では無いでしょうか？

自分も少しだけエヴァの絵も描いてたのて、ちゃんと許諾もらってやってました(*`･ω･´)

ちなみにその当時の同人イラストが、勝手にゲーセンのノベルティに使われてて逆にビックリしましたけどwww