@drikin ド派手にピカピカ光らせて他社との差を如何に表現するかって位に基本製造設計における各メーカーの差は少なくなっていますから、メーカー名や起動&UEFI画面の好みで決めちゃっていいと思います。

元鯖缶な自分は難癖ありのSuperMicroが好きですが、ASUS GIGAbyte ASRock 辺りに絞り込んで、あとは自分の用途に合うM.2といった各拡張スロットの数や配置で決めるのが良いでしょう。
この3社だけがThunderbolt3拡張カードを出していましたし。
安さ重視ならMSIですね。