もしかしてCLIP STDIO PAINTで外部から読み込んだFBXに対して3Dペイントできる？もし普通にできるんであったら、CLIP STUDIO PAINTのブラシ使えるので選択肢の一つにはなりそうだけど。
https://help.clip-studio.com/ja-jp/manual_jp/660_3d/3D%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80.htm