プリセットH264
作成：実時間の1.4倍　スクラブしたときのCPU使用率：20%平均

プリセットQuickTime
作成：ほぼ実時間　スクラブしたときのCPU使用率：15%平均

CinegyDaniel
プロキシ作成時のGPU使用率40%くらいまで上がるけど、実時間。　スクラブしたときのCPU使用率：15%平均　軽さ重視で画質はかなり落としてある

よってプリセットQuickTimeがベターでした。ダニエルの調教次第でなんとかなるかも？
ちなみに3770K、GTX1080です。