アップルのUSB-C to 3.5mmアダプタを繋いで、Amazon Music HDで96/24の楽曲を再生すると、48/24できちんと音がでました。
試しに別のDAC（192/24まで対応のもの）を繋いで再生してみると、こちらも48/24で再生されました。Fire側の制限だと思われます。