Premiereのシーケンスへオート編集問題
これか。。
「シーケンスへオート編集」コマンドは、ターゲットトラックを無視し、常に使用可能な最下位のビデオトラックおよびオーディオトラックを使用します。例えば、Video 1 とAudio 1 がロックされている場合、Video 2 と Audio 2 または適切なチャンネルタイプの最下位のオーディオトラックが自動的に使用されます。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/using/adding-clips-sequences.html
右クリックで、オーディオチャンネルのソースを指定し直すしか無いのかな。。