Apple Payを利用して支払う時は、
１．Suica
２．QUICPay（くいっくぺい）
３．iD（あいでぃー）
のいずれかを店員に伝えて下さい。そうしないとレジの操作が出来ません。
ご参照： http://appllio.com/ios-apple-pay-payment-at-store-iphone