SeaWaveさん、流しのPCサポーターさん、ただまるさん、早速のアドバイスありがとうございます。なるほど内蔵HDDが怪しいですね。
このMac miniは中古で買って、前ユーザーが自作でフュージョンドライブ化したものです。
普通のHDDからフュージョンドライブへ乗り換えたので早くて喜んでました。
内蔵ドライブを交換（現在の遅っそい状態で新しいHDDをフォーマットOS入れて交換ですね。）する方向で進めてみます。