EOS RPの設定がスマホと通信した後に割と頻繁に勝手に変わる問題も、半年かけてあれこれ試した結果、やっとこ解決しました。ずばり「電源OFFのときもスマホと通信する」を無効にする、というか電源ONの状態でしか通信しないようにしたら再現しなくなりました。

不具合は

1.記録サイズ：RAW + S2→JPEG L
2.アスペクト比：FULLのままだけど記録されるのは16:9
3.ファイル名が通し番号になっててもSDカードを変えたりフォーマットするとリセットされる

の３点でした。