アルファチャンネルをサポートした「Apple ProRes 4444」に加えて、新しく「HEVC with Alpha」フォーマットが発表されています。一旦書き出したデーターを元に再編集が可能になりますね。

WWDC19：アルファチャンネルをサポートした動画フォーマット「HEVC with Alpha」を発表 #WWDC19
http://www.macotakara.jp/blog/report/entry-37649.html