動画の画質が波打つ現象は
可変ビットレート(VBR)をやめて固定(CBR)にする
Iフレームの数を増やす
で緩和されると思います
CBRは良いとしてIフレーム増やして互換性に問題無いのか僕の知識ではよく分かりません