日本のクレジットカード会社の加盟店規約規約だと、取り扱いが認められているのはカード自体の提示やiDでの決済になっていて、磁気スワイプ偽装は想定してしない感じ。
NFCや電子マネーについては別に取り扱い規約を作って対応してるので、日本でSamsung Payを普及させようとすると同様にカード会社・加盟店側の対応が必要なんでしょうね。