気にしている人がいるかもしれないので、ご報告。

SourceTreeが動かなくなった件ですが、以下のレジストリエントリ追加で、ちゃんと動くようになりました。
» Source Tree を起動すると透明なウィンドウが立ち上がってしまう https://community.atlassian.com/t5/Sourcetree-questions/Source-Tree-%E3%82%92%E8%B5%B7%E5%8B%95%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8%E9%80%8F%E6%98%8E%E3%81%AA%E3%82%A6%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%83%89%E3%82%A6%E3%81%8C%E7%AB%8B%E3%81%A1%E4%B8%8A%E3%81%8C%E3%81%A3%E3%81%A6%E3%81%97%E3%81%BE%E3%81%86/qaq-p/812676