USBハブ経由だとSDカードの読み込みスピードが遅くなる（80MB/s→40MB/s）という現象が。
USBハブはUSB 3.0対応なのでおかしいと思って調べていたら、USBハブのファームウェアアップデートがあったのでアップデートしてみたら無事復活。
そりゃUSBハブにもファームウェアはあるのでしょうけど、アップデートがあるなんて思ってもなかった、、、。