@drikin トップページです。drikinさんの環境では出ませんか？
githubで軽く検索したところ、このVAPIDというのはrake migrateで作成するものらしく、
* それをしていないのか
* したがうまく生成されていないのか
* configファイルの設定が必要だがやってないのか
* mastodonのバグなのか
のどれかなのかなぁと想像しています。

エラーが発生してもユーザに影響がないのならかまわないんですが、個人的に最近Javascriptのエラーをdev toolを開くことなしに報告してくれるChromeのpluginを入れたら、ページ右下にエラーが報告されてちょっと気になる程度です。 https://mstdn.guru/media/0jPlAPHlT337Au-Bmw0

@drikin 訂正：rake migrateではなくて、rake mastodon:webpush:generate_vapid_keyでした。
これがインスト－ル/アップグレードで自動的に実行されるものかどうかまでは調べていません。