前述の通りパーツ冷却用とメインボード冷却用ファンはg-codeでレベルを調整できるですが、PWM出力をハードウェア側で電圧調整しているみたいで、ファンが独特のうなりが出ます。これに対応するためにMarlinでファン用のPWMの周波数を買える設定を行っています。Configuration.hの
#define FAN_SOFT_PWM
#define SOFT_PWM_SCALE 4
#define SOFT_PWM_DITHER
のコメントを外してソフトウエア制御をおこなうようにしています。これでかなり滑らかに回るようになりました。
#define FAST_PWM_FAN
というハードウェアのPWM周波数を上げる設定もあるみたいですがこちらはマザーボードが対応していないようです。