ホットエンド用ファンはメインボードの24V出力にネジ止めされているためそのまま換装しようとすると1m以上のケーブル付きが必要になるため一般的ないのでホットエンド近くでファン用ケーブルを切って繋ぎなおすことになると思います。
Ender 3コミュニティ内でよく行われている換装はこれをドリキンさん愛用のNoctuaの40mmx10mmファンに換装することです。これは12V仕様であるため電圧降下モジュール経由でつなぐことになりますが、v2は底に電源があるのでモジュールを入れる場所を確保する必要があるかもしれません。
先のように24V仕様のファンならケーブルをつなぎ直すだけなのですが、何でつなぐかが問題になってきます。