グルドン（Mastodon v3.0.1）でなぜかbookmarkが使えている理由が分かったかも。
話題の発端【 https://mstdn.guru/@blank71/103224488788885370 】

今回のグルドンのアップデートはおそらくv3.0.1リリースより後にmergeされたもの、たぶんmasterをフォークしてきた。で、グルドンのWebUIにはMixlrの埋め込みを追加していて、以前カスタマイズしたHTML/CSSをそのまま利用した。この場合、新しく追加された機能であるbookmarkはWebUI上では表示されない。

よって、「あれ、v3.0.1のリリース時点ではbookmarkの機能は使えないよね？使えるとしたらWebUI上に記述があるはず。おかしい。」という疑問は解決した。
cc @drikin @mayaeh