VRChatをSLI的にブーストしたかったのではなく、キャプチャと動画エンコードを別GPUにオフロードしたかったのでは。
VRChatだけなら3090で十分だし。

今回の問題はVRChat起動するとバーチャルデスクトップもエンコードも3090使うようになっちゃう点で、VRChatがSLI対応してないとかは関係ないかと。