Edgeでサイト別のFlash許可を「常に許可」した場合、元に戻す設定画面は存在しません。
以下のレジストリから直接消しましょう。
HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\AppContainer\Storage\microsoft.microsoftedge_8wekyb3d8bbwe\MicrosoftEdge\FlashClickToRunList\